Institut Studi Al-Qur’an dan Ilmu Keislaman (ISQI) Sunan Pandanaran merupakan lembaga pendidikan tinggi Islam yang lahir dari rahim Pondok Pesantren Sunan Pandanaran (PPSPA), sebuah pesantren tahfidz Al-Qur’an yang telah berdiri sejak tahun 1975 di Yogyakarta. Pesantren ini didirikan oleh KH. Mufid Mas’ud, seorang ulama yang memiliki visi kuat untuk mengembangkan pendidikan Al-Qur’an dan ilmu keislaman yang luas. Selain dikenal dengan keilmuannya, beliau juga dikenal sebagai pribadi yang membumi dan memasyarakat.

Dalam perkembangannya, PPSPA tidak hanya membina para santri dalam bidang tahfidz, tetapi juga membangun lembaga pendidikan formal dari tingkat dasar hingga menengah. Hal ini dimaksudkan untuk memberikan wadah pendidikan yang holistik yang tidak hanya menekankan aspek spiritual dan hafalan, tetapi juga intelektual dan akademik. Memasuki dekade 2010-an, muncul kebutuhan besar dari para alumni dan masyarakat sekitar akan keberadaan lembaga pendidikan tinggi Islam yang mampu melanjutkan tradisi intelektual Qur’ani yang telah ditanamkan sejak dini. Merespons hal tersebut, pada tahun ajaran 2012/2013, Yayasan PPSPA mendirikan Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Sunan Pandanaran. Pendirian ini mendapat pengesahan resmi dari Direktorat Jenderal Pendidikan Islam Kementerian Agama RI melalui SK No. DJ.I/149/2012.

STAI Sunan Pandanaran hadir sebagai upaya konkret dalam mengembangkan pendidikan tinggi berbasis pesantren. Pada masa awal berdiri STAI Sunan Pandanaran hanya membuka dua progam studi, yaitu Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir (IAT) dan Ilmu Tasawuf (IT). Selanjutnya pada tahun 2015 bertambah tiga program studi, yaitu Komunikasi dan Penyiaran Islam (KPI) dan program kependidikan seperti Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI) dan Pendidikan Bahasa Arab (PBA). Kehadiran STAI membawa nuansa baru dalam pendidikan tinggi Islam di Yogyakarta, dengan menggabungkan tradisi pesantren dan pendekatan akademik modern.

Seiring berjalannya waktu dan meningkatnya kualitas serta kuantitas civitas akademika, STAI Sunan Pandanaran dinilai layak untuk naik tingkat menjadi institut. Setelah melewati berbagai tahap asesmen dan evaluasi oleh Kementerian Agama RI, pada tanggal 5 September 2024, secara resmi dilakukan transformasi kelembagaan dari STAI menjadi Institut Studi Al-Qur’an dan Ilmu Keislaman (ISQI) Sunan Pandanaran melalui Keputusan Meteri Agama Republik Indonesia nomor 1080 Tahun 2004. Dengan peralihan status tersebut, untuk menaungi seluruh program studi ISQI Sunan Pandanaran membentuk tiga fakultas, diantaranya: Fakultas Ushuludin, Fakultas Dakwah, dan Fakultas Tarbiyah.

Transformasi ini tidak hanya bersifat administratif, tetapi juga membawa semangat baru dalam pengembangan akademik, penelitian, dan pengabdian masyarakat. Sebagai institut, ISQI kini memiliki ruang gerak yang lebih luas untuk membuka fakultas dan program studi baru, memperluas jejaring kerja sama, serta memperkuat eksistensinya sebagai lembaga pendidikan tinggi Islam yang berakar pada nilai-nilai Al-Qur’an dan pesantren, namun tetap terbuka terhadap tantangan zaman. Dengan perubahan ini, ISQI Sunan Pandanaran merupakan simbol dari perjalanan panjang sebuah pesantren tradisional yang mampu bertransformasi menjadi pusat studi keislaman yang progresif, namun tetap menjaga ruh keikhlasan, kedalaman ilmu, dan kecintaan pada Al-Qur’an.